养猪设备消毒是将环境中的微生物尽可能杀死；清洁，是将环境中不该存在的微生物及其生长条件清理掉。对于动物生存的环境来说，其周围存在一定的微生物是非常必要的，适量的微生物对于保持动物免疫系统的警觉状态是非常有利的。而过度的消毒，一是大量的化学药品进入环境，会造成更为严重的环境污染，这样的污染对动物生存环境也造成极大破坏；二是环境中微生物因过度消毒而减少，使动物机体的免疫功能逐渐退化，反而会造成更大的问题，这是一种恶性循环。
消毒只有在发生洪涝、地震、疫情等灾害，出现大量动植物尸体时才采用。因为这种时候如果不消毒，环境中有机物大量增加，微生物种类、数量不可控制地增加，对人和动物都是一个极大的威胁，甚至有可能会发生重大疫情。总而言之，在畜牧生产日常管理中，我们要强调清洁；在发生重大疫情威胁时，我们要强调消毒，在养猪生产过程中，清洁比消毒更重要，日常清洁，每天都要做。
